La place portuaire constitue un enjeu majeur pour l'activité économique et touristique des régions Provence-Alpes-Côte d'Azur et Corse, ainsi que pour la qualité de vie des riverains. Les émissions de polluants associées à cette activité impactent principalement la proximité des ports, mais ont également des conséquences sur la qualité de l'air et le climat à grande échelle. Des actions sont mises en place progressivement. Depuis 2020, la réglementation internationale impose d'utiliser un carburant à basse teneur en soufre. Cette action a permis de réduire la formation de particules secondaires et apporte une amélioration de la qualité de l'air à l'échelle du bassin méditerranéen. D'autres solutions sont travaillées comme le branchement électrique à quai, le gaz naturel liquéfié, le filtre à particules...